PRRSV presenta una elevada variabilidad genética y puede comportarse como una población de variantes estrechamente relacionadas. Por ello, identificar una secuencia en cada momento de muestreo no siempre es suficiente para comprender lo que ocurre dentro de una granja.

Por ejemplo, detectar una secuencia relacionada con una vacuna durante las primeras semanas y otra clasificada como de campo en un momento posterior no demuestra, por sí solo, que primero circulara exclusivamente la vacuna y después ocurriera un reto de campo.

La profundidad del análisis debe definirse de acuerdo con la pregunta sanitaria. Para ello, puede plantearse un abordaje escalonado.

El primer nivel consiste en ampliar el número de muestras y conservar la identidad de los animales durante el seguimiento.

Idealmente, deben muestrearse los mismos animales en diferentes momentos, identificar las muestras positivas y secuenciar varias de ellas en cada fecha.

Esto permite conocer:

• qué variantes consenso se detectan en cada animal;
• cuáles persisten a lo largo del tiempo;
• si diferentes animales presentan variantes distintas;
• y si cambia la variante predominante durante el periodo productivo.

Secuenciar únicamente la muestra con mayor concentración viral facilita la obtención de una secuencia de buena calidad, pero puede no representar la diversidad del grupo.

Figura 1. El seguimiento longitudinal de animales identificados permite comparar las variantes predominantes entre individuos y momentos de muestreo, evitando basar la interpretación en una sola secuencia.

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Cuando existe interés en distinguir las cepas vacunales de otras variantes circulantes, puede utilizarse una batería de RT-qPCR dirigida a regiones específicas de las vacunas empleadas.

El análisis debe realizarse sobre muestras previamente identificadas como positivas a PRRSV. Para interpretar correctamente los resultados es importante disponer de:

• controles positivos;
• secuencias de referencia de las cepas vacunales;
• ensayos específicos para cada vacuna incluida en el panel;
• y confirmación mediante secuenciación y análisis filogenético.

Un resultado positivo en un ensayo específico aporta evidencia de compatibilidad con la cepa vacunal evaluada. Posteriormente, la secuenciación de ORF5 puede utilizarse para confirmar su relación molecular y ubicarla filogenéticamente.

Un resultado negativo indica que no se detectó ninguna de las vacunas incluidas en el panel. Sin embargo, esto no demuestra automáticamente que se trate de una cepa de campo, porque también pueden existir:

• vacunas no incluidas en el panel;
• variantes derivadas de vacuna con cambios en la región objetivo;
• baja concentración viral;
• o diferencias de sensibilidad entre ensayos.

Figura 2. La RT-qPCR específica permite detectar señales compatibles con las cepas vacunales incluidas en el panel. La secuenciación de ORF5 y el análisis filogenético aportan evidencia adicional para confirmar su relación molecular.

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La secuenciación profunda permite estudiar la población viral más allá de una sola secuencia consenso.

Mediante secuenciación de nueva generación pueden obtenerse miles de lecturas de una muestra y estimarse las frecuencias relativas de las variantes presentes.

Esto permite identificar:

• variantes mayoritarias y minoritarias;
• coexistencia de poblaciones vacunales y de campo;
• cambios en las frecuencias a lo largo del tiempo;
• diversidad intrahospedador;
• aparición de haplotipos;
• sustitución de variantes dominantes;
• y posibles eventos de recombinación.

Un análisis de este tipo podría demostrar, por ejemplo, que una variante relacionada con la vacuna domina inicialmente, mientras una variante de campo ya está presente en baja frecuencia. Si posteriormente la variante de campo aumenta, podría estudiarse el cambio en la composición de la población viral con mucha mayor precisión.

Figura 3. La secuenciación profunda permite identificar variantes mayoritarias y minoritarias dentro de una misma muestra y evaluar cómo cambia su frecuencia durante el seguimiento longitudinal.

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Los tres niveles son complementarios:

• Seguimiento longitudinal: compara secuencias consenso entre animales y fechas.
• Detección diferencial: identifica señales compatibles con vacunas específicas.
• Secuenciación profunda: caracteriza la diversidad existente dentro de cada muestra.

La metodología debe seleccionarse de acuerdo con la pregunta que se desea responder y con los recursos disponibles.

1. Cheng, T.-Y., Campler, M. R., Schroeder, D. C., Yang, M., Mor, S. K., Ferreira, J. B., & Arruda, A. G. (2022). Detection of Multiple Lineages of PRRSV in Breeding and Growing Swine Farms. Frontiers in Veterinary Science, 9. https://doi.org/10.3389/fvets.2022.884733
2. Clilverd, H., Li, Y., Martín-Valls, G., Aguirre, L., Martín, M., Cortey, M., & Mateu, E. (2024). Selection of viral variants with enhanced transmission and reduced neutralization susceptibility alongside lateral introductions may explain the persistence of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in vaccinated breeding herds. Virus Evolution, 10 (1), veae041. https://doi.org/10.1093/ve/veae041
3. Pamornchainavakul, N., Paploski, I. A. D., Makau, D. N., Baker, J. P., Huang, J., Ferreira, C. P., Corzo, C. A., Rovira, A., Cheeran, M. C.-J., Lycett, S., Doeschl-Wilson, A., Schroeder, D. C., & VanderWaal, K. (2025). Experimental evidence of vaccine-driven evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome virus type 2. Virus Evolution, 11(1), veaf056. https://doi.org/10.1093/ve/veaf056
4. Galindo-Barboza, A.J., Rivera-Benítez, J.F., y De La Luz-Armendáriz, J. (2025). Evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real para diferenciar cepas vacunales y cepas de campo del virus de PRRS en Jalisco. 60a Reunión Nacional de Investigación e Innovación Pecuaria, Agrícola, Forestal, Acuícola y Pesquera. Memorias Pp. 455-457. San Luis Potosí, México. https://aljogaba.github.io/archives/2025-prrscepas-rnip-extenso-es.pdf